Unikátní mineralogická kolekce RNDr. Ludvíka Ducháčka obsahuje exempláře nejen z oblasti kolem Bystřice.
Herbář v Městském muzeu Bystřice nad Pernštejnem byl založen v roce 2002. Byl zřízen a je veden jako herbář regionální květeny. Rostliny jsou uloženy na herbářových papírech o rozměru 428 x 306 mm. Podle příslušnosti rodové nebo čeledí jsou pak vkládány do sloh. Slohy se svazují do pevných desek a jsou uloženy v igelitových pytlích s desinfekcí proti škůdcům Každá vylisovaná rostlina je opatřená etiketou (schedou) s názvem rostliny, místem jejího naleziště, datem sběru a jménem sběratele; často jsou zde však ještě další údaje. Herbář bystřického muzea je již evidován v přehledu herbářů České republiky (Index herbariorum Reipublicae bohemicae). V roce 2015 je počet uložených dokladů asi 1500. Herbář je třetím největším institucionálním herbářem cévnatých rostlin na Vysočině (po herbářích v Třebíči a Jihlavě, kde jsou však samostatná botanická oddělení, což v našem muzeu není). V herbáři jsou uloženy také některé vzácné druhy rostlin, jejichž výskyt byl publikován v odborné botanické literatuře. Rovněž zde najdeme i doklady rostlin, které již v oblasti vymizely (většinou zničením jejich stanoviště). Kromě této největší části herbáře, zpracované pro vědecké účely, jsou v muzeu uloženy také dva menší soubory určené pro výstavky či pro srovnávací studium. Je to soubor trav z širší oblasti Pernštejnskobystřicka; zde sice chybějí konkrétní údaje o nalezišti, jsou zde však kromě názvu latinského a českého i jména německá a anglická. Druhým souborem je teplomilná květena Jižní Moravy. Další součástí herbáře jsou doklady mechorostů; těch je asi 50. Převážnou část dokladovaných rostlin sbíral Jaroslav Čáp, několik dokladů také manželka Jiřina Čápová.
Herbář je v muzeu badatelské veřejnosti přístupný. V případě zájmu se obracejte na vedení a zaměstnance muzea.
V depozitáři muzea je uloženo 27 entomologických krabic (tzv. muzejky) se sbírkami brouků a motýlů (ojediněle zástupci jiných hmyzích skupin, např. ploštice, křísi aj.). Jedná se o sběry Jaroslava Čápa a Oldřicha Macháčka. Odhadovaný počet exemplářů je cca 2000.Každý exemplář je opatřen štítkem s údaji o datu sběru a nalezišti. Většina sběrů pochází z oblasti Bystřicka, jsou zde i doklady z jiných území Moravy (Brněnsko, Jeseníky apod.), ojediněle také z cizích zemí (např. Maďarsko, Itálie či Uzbekistán). Část sbírky je veřejně vystavena ve školním kabinetu, větší část je uložena v depozitáři.